MTs Negeri 5 Jombang terletak di Jl. Pendidikan No. 44 Kecamatan Ngusikan Kabupaten Jombang Jawa Timur, yang didirikan pada tanggal 16 Maret 1978.

Pada awalnya, yaitu tahun 1970 berdiri lembaga PGAS Sunan Prapen 4 Tahun yang bertempat di desa Bakalan Rayung. Kemudian berdasarkan SK Menteri Agama RI. No. 220 tahun 1970 tanggal 25 September 1970, PGAS Sunan Prapen 4 Tahun berubah menjadi PGAN 4 Tahun Bakalan Rayung. Namun pada tahun 1977 ada peraturan pemerintah bahwa satu kabupaten hanya ada satu PGAN (PGAN 6 Tahun) yang ada di Jombang, sehingga PGAN 4 Tahun Bakalan Rayung berubah nama menjadi MTsN Bakalan Rayung.

Kemudian MTsN Bakalan Rayung yang berada di desa Bakalan Rayung dipindahkan ke desa Keboan Kudu Jombang.

Karena wilayah kudu terlalu luas, akhirnya dipecah menjadi 2 kecamatan yaitu Kecamatan Kudu dan Kecamatan Ngusikan, sehingga desa Keboan masuk ke wilayah kecamatan Ngusikan Jombang.

Pada Tahun 2018 akhir MTsN Bakalan Rayung berubah nama menjadi MTsN 5 Jombang.